Genomics, eine kollektive Herausforderung, die alle Aktivitäten der Agentur erfasst

Zu den Technologien, die im letzten Jahrzehnt entstanden sind, gehören neue Sequenzierungstechniken und die Hochgeschwindigkeitssequenzierung vollständiger Genome (Next Generation Sequencing oder NGS und Whole Genome Sequencing oder WGS) und deren Demokratisierung haben Antworten auf Forschungs- und Bewertungsfragen geleitet, die zuvor unlöslich oder nicht zugänglich waren. Die genomische Revolution geht also voran und verändert die wissenschaftlichen Praktiken in den Bereichen Medizin, Landwirtschaft und Nahrungsmittel grundlegend. Dies ermöglicht neue Ansätze für die Überwachung von Gesundheitsrisiken und die Risikobewertung.

ANSES bekräftigt nachdrücklich seine Strategie, systematisch mit der Sequenzierung des gesamten Genoms zu beginnen, um Krankheitserreger in der Gesundheit von Mensch, Tier oder Pflanzen zu identifizieren und zu charakterisieren. Ziel ist es, Gesundheitsrisiken zu identifizieren und zu beschreiben, indem die Analysemethoden kontinuierlich verbessert werden, und zwar sowohl hinsichtlich der Leistung als auch der Anpassung an ihre Identifizierung, insbesondere hinsichtlich neuer oder aufkommender (Lebensmittelviren, Resistenzgene, Virulenzgene, mobile genetische Elemente usw.). ), aber auch in Bezug auf neue biologische Matrizen.

Die Entwicklung von Technologieplattformen, die sich insbesondere auf Technology Watch konzentrieren, und deren gemeinsame Nutzung unterstützen dieses Ziel mit dem Ziel, die Fähigkeit von ANSES zu stärken, technologische Entwicklungen zu antizipieren und eine gemeinsame Strategie für die erweiterte Nutzung der Genomsequenzierung in Forschung, Referenz, Monitoring und Experteneinschätzung zu entwickeln Aktivitäten.

In Bezug auf die Reaktion auf Gesundheitskrisen haben die Genomik und die Metagenomik bereits ihr Potenzial bei der Identifizierung eines neuartigen Erregers (SBV) sowie bei der schnellen Bestimmung eines möglicherweise auftretenden zoonotischen Risikos (HPAI) gezeigt. Diese schnellen Reaktionen ermöglichen die Anpassung der Diagnosemethoden und die Anpassung der Kontrollmaßnahmen. Sie liefern die Elemente für eine sicherere Risikobewertung und die Auswahl von Kandidatenproteinen für die Impfstoffforschung. Sie ermöglichen auch Untersuchungen über die Interaktion der intestinalen oder respiratorischen Mikrobiota mit pathogenen Bakterien. Sie zielen darüber hinaus darauf ab, die Bestimmung des Pathobioms von Haus- oder Wildarten unpräzise zu ermöglichen, um aufkommende Bedrohungen vorherzusehen, oder von "Resistomen", um die Risiken komplexer Phänomene hinsichtlich des Flusses antimikrobieller Resistenzgene abzuschätzen.

Der besondere Fall der Tiergesundheitsüberwachung und -modellierung

Der schnelle und massive Zugriff auf Sequenzierungsdaten für viele Virusstämme ist ein zusätzlicher Beitrag zur Modellierung von Netzwerken für die Ausbreitung von Krankheiten. Durch die Bereitstellung von Daten zu Epidemiologen über die Verbindungen zwischen den Stämmen wird es nun möglich, die räumliche und zeitliche Verbreitung von Viren zwischen Betrieben zu beurteilen. Diese Daten, kombiniert mit Felddaten, werden es ermöglichen, die Handlung einer Tierseuche zu schreiben und so den Entscheidungsträgern vorausschauende Werkzeuge für das Risikomanagement zu bieten.

Überwachung und Erkennung aufkommender Bedrohungen der Lebensmittelsicherheit

Der Zugang zu den Sequenzen aller im Feld gesammelten pathogenen Bakterien ebnet den Weg für die schnelle Erkennung von Verbindungen zwischen Stämmen, die in der menschlichen Gesundheit auftauchen (in nationalen Referenzzentren gesammelt und sequenziert werden) und solchen, die in Lebensmitteln isoliert werden, und ermöglichen so eine zielgerichtetere Bewirtschaftung Maßnahmen und Verbesserung der Rückverfolgbarkeit in der Lebensmittelkette. Eine weitere Anwendung, bei der Fortschritte in der genomischen Sequenzierung die Bühne für einen Umbruch bereiten, ist die Bewertung des Risikos für die menschliche Gesundheit, wobei die Entwicklung der Populationssequenzierung und Annotation des menschlichen Genoms zur Identifizierung von Subpopulationen führt, die insbesondere für eine Reihe von Krankheiten ein Risiko darstellen ernährungsphysiologisch oder mit einer erhöhten Empfindlichkeit gegenüber bestimmten Umweltschadstoffen. Diese wissenschaftlichen Fortschritte werden die Arbeit der Agentur in vielen Bereichen bestimmen, die Beurteilungen präziser und gezielter machen und den Weg für öffentliche Politiken ebnen, die auf bestimmte Bevölkerungsgruppen und die nachgewiesenen Ursachen von Risiken für den Menschen abzielen.

Wie man sehen kann, wird die Genomik in den nächsten zehn Jahren erhebliche Auswirkungen auf die Forschungsarbeit und die verfügbaren Instrumente im Bereich Gesundheit und Sicherheit haben, sodass ANSES und seine Partner neue Forschungsfragen beantworten können, die noch nicht untersucht wurden.