Übertreiben von Ergebnissen, eLife und "verteilten Viren"

Ed Yong, ein Journalist, den andere Wissenschaftler normalerweise hoch einschätzen, veröffentlichte gerade eine Geschichte mit dem Titel „Eine neue Entdeckung macht das Wissen über Viren aus“. Er beschreibt einen in eLife veröffentlichten Artikel, in dem behauptet wird, dass „die Infektion auf einer Ebene über dem Einzelnen wirken kann Zellebene, die eine virale mehrzellige Lebensweise definiert. “

Sowohl die Autoren der Zeitung, der eLife Digest (die Version einer Laien-Zusammenfassung), als auch Ed Yong behaupten, dies sei eine Revolution in unserem Verständnis von Virusinfektionen und sogar der Evolution. Das ist nicht wahr.

Nun, es gibt Artikel wie diesen, die ständig in der Wissenschaft veröffentlicht werden, und Journalisten fallen oft auf die Behauptungen in Pressemitteilungen und überzogenen Artikeln. Aber der Grund, warum ich einen Blogbeitrag über diesen speziellen Fall schreibe, ist, dass er einem anderen Artikel in eLife, einem von Vize-Redakteur Eve Marder, geäußerten Artikel, nahe kommt, der besagt, dass Wissenschaftler ihre Ergebnisse oft überbewerten und diesen „Rookie“ Fehler “wie diese sind der Grund, warum die von ECR verfassten Arbeiten bei eLife eine geringere Akzeptanz aufweisen. In einem anderen Blog-Post war es eine Beschwerde von etlichen anderen eLife-Redakteuren / Gutachtern, dass die ECR-Autoren den Verkauf von Ergebnissen übertrieben hatten. Ich und andere haben auch gehört, dass eLife-Redakteure diesen Fall (soweit ich weiß, faktenfrei) persönlich vorbringen. Bei dieser Gelegenheit wurde die Idee, dass die Namenserkennung den Publikationserfolg beeinträchtigt, zum Teil aufgehoben. In diesem Beitrag versuche ich zu zeigen, warum dieses Argument fehlerhaft ist, am Beispiel eines aktuellen Artikels in eLife.

FBNSV ist ein Nanovirus. (Quelle: ViralZone)

Zurück zum Papier. Erstens, ich bestreite nicht die Ergebnisse oder die Wichtigkeit dieses Papiers, nur die Schlussfolgerung der Autoren, dass sie ein neues Paradigma darstellen, und die Fehlcharakterisierung der in der Virologie vorherrschenden Denkweise. Die Studie untersuchte das Faba Bean Necrotic Stunt Virus (FBNSV), ein Virus, das aus 7 Subgenomen besteht, die jeweils in separaten Viruskapsiden enthalten sind. Nun sollte jeder Biologiestudent an der Highschool / Uni wissen, dass Viren grundsätzlich infektiöse DNA oder RNA sind, die für einige Proteine ​​kodiert, aber auch viele Wirtsproteine ​​für die Replikation verwendet. In „Laien“ bezieht sich „Viren“ auf den gesamten DNA / RNA- und Proteinkomplex, obwohl dies eher als „Virion“ bezeichnet wird, während das Wort „Virus“ in der Wissenschaft eine kompliziertere Definition hat. Ich persönlich verwende den Begriff Virus austauschbar, obwohl ich als Molekularbiologe öfter nur die DNA- oder RNA-Komponenten in einer Wirtszelle bezeichne. Wie auch immer, Semantik.

FBNSV infiziert, wie der Name schon sagt, Pflanzen. In dieser Studie wollten die Autoren im Wesentlichen die Frage beantworten, wie ein Virus mit sieben unabhängigen und dennoch co-abhängigen Genomen seinen Wirt infizieren kann. Dies ist eine faszinierende Frage, wenn auch nicht annähernd so ungeklärt wie die Autoren. In der Tat scheint das Hauptaugenmerk des Papiers und seiner Berichterstattung in den Medien eine veraltete Sicht von Viren zu sein, die darauf hindeutet, dass sie einzelne Zellen einzeln infizieren. Wenn Sie ein Virus sind, das 7 verschiedene Partikel (oder auch 2–4 Partikel für diese Angelegenheit) benötigt, um dieselbe Wirtszelle zu infizieren, sind die Überlebenschancen gering, und dennoch existieren solche Viren, die bereits bekannt waren für Jahrzehnte.

Sie haben jetzt ein schönes Strohmann-Paradigma aufgestellt, das mit ihrem Papier abgerissen werden kann. Dies ist immerhin die Formel für die Veröffentlichung in hochselektiven Zeitschriften, richtig?

Hier werde ich zuerst das Papier zerlegen und dann zu meinem allgemeinen Punkt zurückkehren. Wenn Sie nicht an den Details dieser speziellen Studie interessiert sind, können Sie nach unten springen.

Die Autoren beginnen damit, dass Virologen nach und nach davon überzeugt sind, dass Viren einzelne Wirtszellen sequentiell infizieren. Sie zitieren mehrere Abhandlungen, aber das jüngste Zitat ist über 30 Jahre alt und unterstützt dennoch nicht den Punkt, den sie machen. Nun haben sie ein schönes Strohmann-Paradigma aufgestellt, das ihre Zeitung zum Abriss bringen kann. Dies ist immerhin die Formel für die Veröffentlichung in hochselektiven Zeitschriften, richtig?

In Abbildung 1 des Papiers wird das Fehlen von Überlappungen in den beiden fluoreszierenden Kanälen beobachtet, was darauf schließen lässt, dass sich verschiedene virale DNAs in unterschiedlichen Zellen ansammeln.

Das von ihnen durchgeführte Experiment besteht darin, eine Wirtspflanze mit dem Virus zu infizieren und dann die Gewebe der Pflanze mit fluoreszenzmarkierten Sonden zu untersuchen, die für die sieben verschiedenen DNA-Segmente spezifisch sind, und später mit fluoreszenzmarkierten Antikörpern, um die Anwesenheit der verschiedenen Proteine ​​nachzuweisen kodiert von jeder der 7 verschiedenen DNAs. Es ist wichtig zu wissen, dass sie an keinem Punkt auf einmal nach mehr als 2 DNA-Segmenten suchen. Sie visualisieren also gleichzeitig das Vorhandensein von Paaren verschiedener DNA-Segmente, sind aber blind für die Position der anderen 5 Segmente. Sie geben auch zu, dass sie nicht alle der 28 möglichen Paare getestet haben und stattdessen nur insgesamt 7 Paare visualisierten. Ihre Mikroskopie erscheint sehr gut und kontrolliert. Aber das ist nicht der Punkt meiner Kritik.

Sie untersuchten dann Zellen, die nur das S-Segment der viralen DNA enthielten, um zu sehen, ob diese Zellen auch das M-Rep-Protein (kodiert für das R-Segment) enthielten, und wie erwartet taten dies 85%. Das M-Rep-Protein ist essentiell für die Replikation aller DNA-Segmente, daher ist es nicht überraschend, dass es in Zellen vorhanden war, die andere DNA-Segmente einzeln enthielten. Wie würden sich diese DNA-Segmente sonst replizieren?

In der Diskussion behauptet der Autor, dass er ein neues "Konzept in der Virologie" entdeckt hat, d. H., Dass einige Viren eine "multizelluläre Lebensweise" führen können, was immer dies bedeutet. Meines Erachtens wird alles, was sie getan haben, visuell dargestellt, was viele Virologen bereits wussten, dass wahrscheinlich etwas passierte.

Was ist der Beweis dafür? Erforschung der letzten 20 Jahre in einer anderen Gruppe von Pflanzenviren, den Geminiviren (oder genauer der Begomovirus-Gattung der Familie Geminiviridae). Diese Viren infizieren, wie das im eLife-Papier untersuchte Nanovirus, Pflanzen und besitzen ein mehrteiliges Genom (in ihrem Fall 2 verschiedene DNAs). Sie sind weitaus wirtschaftlicher und generell eine größere Familie von Viren. Daher wurden sie viel genauer untersucht.

Im Geminivirus-Bereich ist es relativ allgemein bekannt, dass die zwei verschiedenen Genome (A und B, wobei A für replikative Proteine ​​kodiert und B für Bewegungsproteine ​​kodiert) im Wirt nicht in stochastisch äquivalenten Mengen vorliegen. Ich war immer davon ausgegangen, dass die Virologen wussten, dass die zwei einzelnen Virusgenome unabhängig voneinander in verschiedenen Geweben vorhanden sein könnten, d. H. Dass Viren "verteilt" werden könnten, wie Ed Yong es ausdrückte. Vor vier Jahren führten Forscher der Gruppe von Holger Jeske (ein Pionier in der Geminivirusbiologie) ein sehr ähnliches Experiment wie das in eLife veröffentlichte Experiment mit einem Geminivirus-Modell durch, das genau dieses Ergebnis zeigte. Hier ist das Papier: https://jvi.asm.org/content/89/23/11926.

Das Papier wurde im Journal of Virology veröffentlicht, einer weniger selektiven Zeitschrift als eLife, und wahrscheinlich hatten die Autoren keine Notwendigkeit, ihre Ergebnisse zu übertreiben.

Ergebnisse von Weigel et al., 2015, Journal of Virology, Untersuchung der zwei verschiedenen Genome eines Begomovirus. Beachten Sie die

In dieser Studie haben die Autoren zu keinem Zeitpunkt das Bedürfnis, die Leser über den Wissensstand auf diesem Gebiet falsch zu informieren, und argumentieren deshalb mit Strohmenschen, um anzugreifen. Stattdessen präsentieren sie ein faszinierendes und etwas neuartiges populationsgenetisches Rahmenwerk für das Verständnis der Replikation von mehrteiligen Viren. Sie beschreiben sogar eine ähnliche Studie, die von einer anderen Gruppe durchgeführt wurde, die die gegenseitige Abhängigkeit der Virusreplikation zwischen zwei verschiedenen Viren untersuchte, und erklären, warum sich ihre Studie unterscheidet.

So soll Wissenschaft meiner Meinung nach und hoffentlich auch die der eLife-Redakteure aufgeschrieben werden.

Stattdessen zitieren die Autoren in eLife dieses Dokument oder andere Dokumente, die sich mit der Frage der multipartiten Virusreplikation befasst haben. In der Tat scheint der Gedanke, dass nicht alle viralen Genome in der gleichen Zelle vorhanden sein müssen, um mit DNA-Viren infektiös zu sein, in früheren Papieren eher etabliert zu sein (RNA-Viren sind eine andere Angelegenheit). Ihre Kommentare werden dann von einem berühmten Wissenschaftsjournalisten weiter übertrieben. Die Öffentlichkeit glaubt, dass Virologen die Natur von Viren bis heute missverstanden haben. Wie diejenigen von uns, die für die Öffentlichkeit schreiben, wissen, ist diese Erkenntnis, dass sich die Wissenschaft in einem ständigen Umwälzungszustand befindet und dass es unmöglich ist, Gewissheit in der Wissenschaft zu erlangen, große Hürden in der Wissenschaftskommunikation. Es sind die gleichen Gefühle, die zu Bewegungen gegen Impfstoffe und zum Leugnen gegen den Klimawandel führen.

Und ist meine Kritik an diesem Papier neu? Nicht wirklich.

Dankenswerterweise veröffentlicht eLife die Überprüfungsberichte. Ein kurzer Blick auf diesen Abschnitt zeigt, dass meine Bedenken hinsichtlich einer Überbewertung der Ergebnisse (wenn auch nicht so konkret wie hier), von den Rezensenten aufgegriffen wurden. Die Redaktionszusammenfassung des Redaktionsprozesses besagt: „Alle drei Gutachter sind jedoch der Ansicht, dass wichtige Behauptungen, die insbesondere ein neues Paradigma in der (Pflanzen-) Virologie vorschlagen, das auf einer vielzelligen Lebensweise basiert, durch die Beobachtungen nicht vollständig gerechtfertigt sind dass die Darstellung und Interpretation der Ergebnisse abgeschwächt werden sollte. Dies würde die Bedeutung der Ergebnisse nicht beeinträchtigen, sollte aber dazu beitragen, die hier neuen Beobachtungen hervorzuheben. “Die Abschlussarbeit bleibt jedoch eine Übung in Übertreibung und Desinformation. Der dazugehörige Artikel aus dem Atlantik ist ein schreckliches Beispiel für Wissenschaftsjournalismus (ich vermute, dass der Journalist in diesem Fall einfach die Kommentare von Reviewer ignoriert hat, die am Ende jedes eLife-Artikels stehen).

Am Ende des Tages ist dies nur eines von Hunderten, die eLife veröffentlicht. Der Grund, den ich dabei nenne, ist, dass dies zeigt, dass die Wahrnehmung, dass ECR dazu neigen, ihre Ergebnisse zu übertreiben, falsch ist. Anstatt auf diesem Beispiel basierend, scheint es, dass jeder Autor seine Ergebnisse überbewerten sollte, um ihn in ausgewählten Zeitschriften wie eLife zu veröffentlichen. Es zeigt auch, wie gefährlich dieser Druck zur Übertreibung von Schlussfolgerungen für das öffentliche Verständnis eines wissenschaftlichen Feldes sein kann.

Ich bin es leid, diese Entschuldigung (dass ECRs die Ergebnisse übertreffen) zu hören, von Redakteuren bei eLife (und wahrscheinlich anderen Journalen), um die geringere Akzeptanz von Beiträgen von ECRs-Autoren zu erklären, und ich möchte, dass die Redakteure beim nächsten Mal über diesen Fall nachdenken Sie haben das Bedürfnis, ECR-Autoren selektiv herabzusetzen und die Auswirkungen der Namenserkennung und des Dienstalters im Verlagswesen herunterzuspielen.

Haftungsausschluss: Ich habe noch nicht in eLife veröffentlicht und habe noch nicht versucht zu veröffentlichen. Ich bin Mitglied der Early Career Advisory Group von eLife, die obigen Meinungen sind jedoch meine eigenen. In meiner Doktorarbeit beschäftigte ich mich mit der Entwicklung von Immunität gegen Geminiviren und damit meiner Vertrautheit mit dem Thema.